第一種付費分成模式將允許用戶免費閱讀作品部分章節，在此基礎上，如果讀者希望閱讀全本內容，則需要通過網絡支付通道支付一定費用，即可將該電子作品存儲至自己的個人文庫并進行在線全本內容閱讀。而經由百度文庫收取的費用將與版權方分成，目前分成的詳細比例未定，百度僅將其描述為大部分比例將劃撥給版權方所有。
第二種廣告分成模式則允許讀者免費閱讀整部作品，但百度文庫會在確保用戶的閱讀體驗前提下，在作品閱讀頁面適當位置開發和放置相應廣告內容，使作者或版權方獲取相應收入。
與此同時，針對一些目前暫時尚無法提供全本合作的版權方，百度文庫也給予了足夠的關注。版權方可以提供部分新書介紹和免費章節內容，通過文庫書店平臺，進行新書推廣，宣傳新書信息，幫助版權方帶動實體圖書銷量。
為保護作者版權，百度文庫最近加速對文庫中可能侵犯他人著作權的文檔清理，以及開設綠色舉報通道等。除此之外，一項名為“版權作品DNA比對識別”的技術應用預計將于4月11日上線試運行，該技術將通過后臺識別技術，進行網友上傳文檔與正版資源的對比審核，從源頭上阻止侵權文檔的上傳。
百度文庫相關負責人表示，百度非常重視版權的保護問題，同時也希望與版權方建立長期的合作關系，引入豐富的內容，為廣大網友提供一個正版內容的閱讀平臺，同時為版權方構建一個宣傳、獲益的營銷陣地。
對于百度文庫問題，CEO李彥宏28日在深圳IT領袖峰會上首次對外回應，表示如果內部管理不好，將會關掉。而在昨天，百度對外宣布，截止到3月29日中午12時，百度文庫的清理工作已取得顯著成效，文庫中非授權文學類作品基本清空。據官方介紹，用戶目前已經無法上傳從其他網站獲取的小說文檔。
